Até o momento, foram identificados quatro subtipos do Metapneumovirus Aviário (A, B, C e D). Os subtipos A, B e D foram descritos na Europa. A e B estão também presentes em outras partes do mundo e são os mais encontrados. Isolados do subtipo C foram relatados exclusivamente nos Estados Unidos e é o único subtipo encontrado naquele país.
Relatos da Europa indicam que embora seja possível que vários subtipos estejam presentes numa área, um deles pode ser o predominante. Também foi demonstrado que dentro dos subtipos A e B podem haver cepas que tenham preferência por frangos/galinhas ou por perus. Geralmente, as cepas replicam melhor nas espécies que originalmente foram isoladas, sugerindo diferenças entre o tropismo. Estes vírus isolados não podem ser diferenciados sorologicamente, mas há diferencias no seu comportamento biológico.
Tem sido demonstrado que cepas do subtipo A e B (independentemente de se foram originalmente isoladas de frangos/galinhas ou perús) oferecem proteção cruzada in vivo. O mesmo foi demonstrado para a habilidade de dar proteção contra isolados do subtipo C.
Os gráficos 1 e 2 mostram que cepas dentro dos subgrupos A e B podem ter preferência por frangos/galinhas ou perus. Podem ser observadas diferenças no seu comportamento biológico. O vírus isolado de perus causa uma doença mais severa em perus do que os vírus isolados de frangos, enquanto que os vírus isolados de frangos causam sinais clínicos mais marcados em frangos do que em perus.
Gráfico 1: Perus desafiados com um vírus isolados de perus ou um vírus isolado de frangos

Gráfico 2: frangos desafiados com um vírus isolado de perus ou vírus isolado de frangos

Cook, J.K.A., Kinloch, S. & Ellis, M.M. (1993). In vitro and in vivo studies in chickens and turkeys on strains of turkey rhinotracheitis virus isolated from the two species. Avian Pathology, 22, 157-170.
A tabela 1 apresenta as diferenças encontradas entre vírus isolados dos subtipos A e B utilizando provas de neutralização incorporando anticorpos monoclonais. Independentemente do país em que as cepas virais foram isoladas, os vírus isolados do subtipo A reagem com os 4 anticorpos monoclonais, enquanto que os vírus isolados do subtipo B reagem apenas com os anticorpos monoclonais 4 e 8.
Tabela 1:
| Origem | Neutralização por anticorpo monoclonal número: | |||
| 1 | 3 | 4 | 8 | |
| Reino Unido | 4.4 | 1.9 | 6.0 | 4.4 |
| África do Sul | - | - | 6.1 | 3.8 |
| França | - | - | 4.7 | 2.5 |
| Itália | - | - | 5.0 | 2.3 |
| Espanha | - | - | 5.5 | 2.1 |
| Holanda | - | - | 3.6 | 2.3 |
| Hungria | - | - | 4.6 | 2.2 |
A tabela 2 apresenta as diferenças encontradas entre os vírus isolados dos subtipos A e B utilizando provas de neutralização, incorporando os anticorpos monoclonais e o subtipo C (Isolado do Colorado). Os vírus isolados do subtipo A reagem com os quatro anticorpos monoclonais, os vírus isolados do subtipo B apenas reagem com os anticorpos monoclonais 4 e 8, enquanto que o subtipo C não reage com nenhum dos anticorpos monoclonais.
Tabela 2:
| Origem | Neutralização por anticorpo monoclonal número: | |||
| 1 | 3 | 4 | 8 | |
| Subtipo A | 4.4 | 1.9 | 6.0 | 4.4 |
| Subtipo B | - | - | 5.5 | 2.5 |
| Subtipo C(Colorado) | - | - | - | - |
Cook, J.K.A., Jones, B.V., Ellis, M.M., Li Jing. & Cavanagh, D. (1993). Antigenic differentiation of strains of turkey rhinotracheitis virus using monoclonal antibodies. Avian Pathology, 22, 257-273.
A tabela apresenta os títulos de neutralização cruzada entre os diferentes subgrupos do Metapneumovirus aviário usando anti-soro policlonal monoespecífico obtido de aves SPF. Utilizando um anti-soro policlonal não é possível diferenciar as cepas dos subtipos A e B, mas não há neutralização cruzada entre elas e o subtipo C.
Tabela 3:
| Anti-soro | Título recíproco de VN: | ||
| Subtipo A | Subtipo B | Subtipo C(Colorado) | |
| Subtipo A | 280* | 95 | - |
| Subtipo B | 85 | 90* | - |
| Subtipo C(Colorado) | - | - | 800* |
*Título homologo
Cook, J.K.A., Huggins, M.B., Orbell, S.J. & Senne, D. A. (1999). Preliminary antigenic characterization of an avian pneumovirus isolated from commercial turkeys in Colorado, USA. Avian Pathology, 28, 607-617.